Вопросы-Ответы

Вопросы и ответы для инсераторов


Что такое CRIS

это инструмент для внесения, хранения, организации, поиска и вывода данных по биоразнообразию криптогамных организмов.

Основной целью ИС является накопление первичной информации о биоразнобразии мхов, печеночников, лишайников, грибов, цианопрокариот, хранящихся в гербарных коллекциях и обеспечение свободного и удобного доступа к ним, а также их разносторонний анализ.

CRIS предоставляет фактические сведения по видовому составу тех или иных территорий на основе материалов гербарных коллекций, данных наблюдений, литературных указаний, коллекций культур. Также в ИС вы можете найти фотографии видов, данные об их таксономии и географическую характеристику.

СRIS поделена на пять независимых разделов (по группам организмов). Внутри разделов данные всех типов в том числе данные из разных гербариев связаны.


Какие коллекции участвуют в CRIS

На сегодняшний день в ИС включены данные следующих коллекций:

  • Гербарий мохообразных, лишайников и цианопрокариот Полярно-альпийского ботанического сада-института Кольского НЦ РАН (KPABG)
  • Гербарий грибов Института проблем промышленной экологии Севера Кольского НЦ РАН (INEP)
  • Гербарий печеночников Ботанического сада-института ДВО РАН (VBGI)
  • Коллекция культур цианопрокариот Полярно-альпийского ботанического сада-института Кольского НЦ РАН
  • Коллекция живых культур цианопрокариот и водорослей Института биологии Коми НЦ УрО РАН (SYKO)
  • Коллекция культур цианопрокариот John Carroll University (JCUCC)

Кто может получить доступ к CRIS

Доступ к ИС может получить любой желающий так как основным принципом ИС является открытость и общедоступность. Для более эффективного функционирования системы пользователи разделены по функциональным возможностям. Подробнее о возможности участия в проекте.


На каких условия осуществляется использование материалов

При цитировании, помимо первоисточника данных (например, гербарного образца) и автора, указывайте, пожалуйста, что данные взяты из соответствующего раздела CRIS. Так же мы будем очень благодарны, если вы сошлетесь на статью об ИС в своих работах. Более подробно об использовании данных.


Разделение пользователей

Незарегистрированный пользователь имеет доступ к минимальному набору выборок и может произвести сортировку данных по интересующему его запросу. Полный набор выборок доступен только после регистрации, которая осуществляется по запросу.

Зарегистрированный пользователь имеет доступ ко всем выборкам.

Инсератор - имеет возможность вносить и редактировать данные в раздел ИС своей коллекции (гербария, коллекции культур и т.п.). Инсератор одной коллекции может вносить и изменять данные об образцах только своей коллекции, но не имеет доступа к изменению данных в других коллекциях.

Куратор раздела выполняет функции супервайзера, он может редактировать данные в любых коллекциях в пределах своего раздела (по группам организмов).

Администратор имеет доступ ко всем разделам и коллекциям, осуществляет функционирование ИС, основной задачей является обеспечение безопасности ИС и данных, а также создание новых инструментов и выборок по запросам кураторов и инсераторов.


Формат данных CRIS

Минимальной единицей информации в CRIS является многовидовой образец - Гербарный образец, Литературный образец, Образец наблюдения, Образец из других источников (см. так же техническую информацию по схеме материалов).

Помимо внесения информации об образцах инсераторами существует также возможность поглощения массивов данных, ранее внесенных пользователями в локальные базы данных или таблицы. Для осуществления поглощения информация должна быть структурирована в виде таблиц для поглощения в CRIS.


Интерфейс информационной системы

Интерфейс ИС обеспечивает пользователю доступ к информации, хранящейся в ИС посредством любого браузера. На всех страницах соответствующего раздела представлено меню ссылок, которое ведет к соответствующих выборкам.

Для авторизации зарегистрированного пользователя нажмите на ссылку Login.


Меню навигации

В меню навигации представлены следующие разделы:

Переход по ссылке Home возвращает пользователя на начальную страницу.

Переход по ссылке Species list of the area приводит к странице поиска списка видов территории с произвольными границами

Пункт Species distribution позволяет получить карту распространения вида, построенную по всем имеющимся в ИС точкам с координатами.

Поиск конкретных образцов осуществляется по ссылке Specimen search.

Выборка Species list позволяет получить список видов определенного региона, или местонахождения.

Названия всех таксонов, включенных в систему, представлены в виде алфавитного списка в разделе List of all taxa.

Поиск местонахождений видов возможен в выборке Occurences.

Поиск синонимов осуществляется на странице Synonyms.

Во вкладке Photos расположен поиск изорбраждений видов.

Для импорта данных в ГИС программу необходимо воспользоваться сервисом Data for GIS using.

Выборка Specimens stat позволяет узнать статистику и осуществить поиск образцов.

Поиск по литературным ссылкам содержится во вкладке References.

Последние изменения в ИС можно отследить в разделе Recent content.


В каком виде осуществляется вывод данных

Вывод данных представлен в виде: списка видов, где названия таксонов являются гиперссылками, которые ведут на образцы, аннотированного списка, подборки фотоматериалов, и карт распространения видов.


Выборки

Выборки делятся на:
служебные (доступные пользователям с разными правами) - выборки для импорта-экспорта данных, этикетки, сложные выборки с множеством фильтров
и открытые (доступные незарегистрированным пользователям) - списки, географические выборки.

Все приводимые в представлениях данные должны в итоге приводить по гиперссылкам к источникам - образцам какого-либо типа.

Незарегистрированный пользователь, переходя на раздел по конкретной группе криптогамных организмов, имеет доступ к следующим выборкам и материалам:

  • Species list of the area
  • Species distribution
  • Specimen search
  • Species list
  • List of all taxa
  • Occurences
  • Synonyms
  • Photos
  • Data for GIS using
  • Specimens stat
  • References
  • Recent content

Подробнее о каждом пункте меню.


Как использовать фильтры выборок?

В фильтре "Location" используется и латиница и кириллица (использование двух языков возможно и фильтре "Collecting number"). Во всех остальных фильтрах выборок используется только латиница. Например, в фильтр "Province" надо ввести название региона на английском (Murmansk province).

Автодополняющиеся фильтры (с колечком) будут предлагать варианты значений на первых же буквах ввода (Вы вводите mu... - фильтр предлагает выбрать варианты Murmansk province, Amur province и т.п.).

Фильтры для текстовых значений (например "Location") фильтруют по совпадению части слова или выражения. Например, введя в фильтр "Location" слово Хибин - вы получите все записи, содержащие в своих полях "Location" это слово, например, "Хибинский массив. Склон г. Куэльпорр"  (в том числе, например, "В 50 км от Хибин"); при этом, все записи с иным написанием слова Хибин (с ошибками - Хебин или на др. языке - Khibiny) будут отброшены и не попадут в выборку.

Фильтры с датой (например, "Collecting(leg) date") - это также текстовые фильтры фильтрующие по совпадению. Введя, например, 200 в фильтр "Collecting(leg) date" - Вы получите все образцы собранные с 2000 по 2009 годы. Если инсераторы вносили 2009 год как 09 - то эти данные будут отброшены. Если инсераторы вносили may/май вместо 05, то вы не получите данные за май введя "хх.05.хх".

Во многих выборках есть фильтры по таксономическому рангу или принадлежности к группе организмов. Например, для отсеивания cf., sp., ssp. и т.п. по умолчанию фильтры натроены так, чтобы исключать эти таксоны из выборок. Для отделения различных групп, по какой-то причине совместно присутствующих в образцах (мхов от печеночников, паразитов от лишайников и т.п.), есть соответствующие фильтры, которые можно включить, если они не включены по умолчанию.

В выборку "Distribution map of species" попадут только записи имеющие координаты.

Данные по наполненности ИС образцами ищите в разделе Сompleteness of the data obtained.


Выборка Species list of the area

Для того, чтобы получить список видов произвольной территории, непопадающий под поиск по параметрам: страна, регион, ООПТ и т.д. необходимо создать в ИС пользовательский полигон. Например, нас интересует список видов обнаруженных в зоне полярных пустынь Северного полушария.

Для этого необходимо в списке полигонов нажать на ссылку Show contained locations соответствующего полигона. 

Выборка покажет все виды, названия которых даны в виде гиперссылок.

Нажав на интересующий вид можно посмотреть все местонахождения этого вида в пределах заданного полигона. Описания конкретных образцов доступны по клику на флажки карты.

Создание нового полигона возможно только для зарегистрированного пользователя. Подробнее о создании полигона смотрите в разделе Вопросы-ответы для инсераторов.


Выборка Species distribution

Пункт Species distribution позволяет получить карту распространения вида, построенную по всем имеющимся в ИС точкам с координатами.

При переходе в этот раздел вы должны обязательно заполнить поле названия вида (Species) и нажать кнопу Apply. Если вам нужна карта распространения вида в определенном регионе - заполните также поле Province.

В результате вы получите карту распространения, полнота которой зависит от объема включенных в ИС данных. Подробности о каждом местонахождении можно узнать, перейдя по гиперссылке.


Выборка Specimen search

Выборка позволяет осуществить поиск конкретных образцов.


Выборка Species list

Выборка Species list позволяет получить список видов определенного региона, или местонахождения. В поля выборки внесите искомые параметры, например, требуется вывести список видов с определенного местонахождения. Вводите название этого местонахождения в поле Location и нажмите Apply.

Результатом такой выборки будет список видов данного местонахождения


Список всех таксонов List of all taxa

Раздел List of all taxa содержит названия всех таксонов, включенных в систему, представленные в виде алфавитного списка.

При нажатии на название таксона вы будете перемещены в описание этого таксона.


Выборка Occurences

Выборка Occurences предназначена для поиска местонахождений. Укажите среди каких типов материала требуется вести поиск (если оставить поле пустым, то поиск будет вестись по всем типам материала), введите название вида или синоним, нажмите Apply.

Результатом будет таблица местонахождений данного вида. По ссылкам на образцы можно посмотреть более подробную информацию.


Выборка Synonyms

Выборка Synonyms позволяет осуществлять поиск синонимов. Введите в поле Synonyms название вида и нажмите кнопку Apply.

Результатом будет указание на современное название и указание на количество образцов (в скобках). Щелкнув на название, вы перейдете к описанию образцов.


Выборка Photos

Для просмотра имеющихся в ИС фотографий перейдите по вкладке Photos и введите интересующее название рода или вида, затем нажмите Apply. Можно просмотреть все имеющиеся фотографии, для этого оставьте поле Species or Genus пустым.

Посмотреть более подробную информацию о любой из найденных фотографий можно кликнув на название вида и перейдя по гиперссылке.

Откроется запись об образце. Картинку в оригинальном размере можно просмотреть, нажав на нее на странице образца.


Сервис Data for GIS using

Для использования данных в сторонней ГИС пользователь может осуществить конвертацию данных из ИС. Для этого необходимо перейти во вкладку Data for GIS using. Выберите интересующие вас параметры поиска в фильтрах Country, Province, Type или оставьте эти поля пустыми, тогда вы конвертируете весь массив. Нажмите Apply. Затем нажмите на кнопку CSV.

Вы увидите окно выполнения конвертации.

Затем появиться окно с сообщением, что конвертация выполнена. Файл "Без названия" будет сохранен в папке, предназначенной для загрузок в настройках вашего браузера. Откройте его ГИС программой как слой WKT.


Выборка Specimens stat

Статистика и отслеживание переданных на изучение образцов осуществляется в выборке Specimen stat. Заполните необходимые поля и нажмите Apply.


Выборка References

Выборка по литературным источникам (References) позволяет найти образцы, сведения о которых приводятся в ИС по литературным данным. Можно осуществить поиск по автору или названию (Author, title), отфильтровать литературные указания для конкретной страны (Country) или региона (Province). Также можно включить в поиск конкретный вид (Species). Поля Country, Province и Species являются автодополняемыми - нужно начать вводить искомое название латиницей и будут предложены варианты терминов, содержащихся в ИС. После ввода слов для поиска нажмите Apply.

Записи о литературных источниках являются ссылками, кликнув на который можно перейти на страницу с подробной литературной цитатой и посмотреть все образцы, включенные в ИС на основании этого источника.


Раздел Recent content

В разделе Recent content в хронологическом порядке отображаются последние изменения, произведённые с любыми типами материалов.

Отображается тип материала (Type), название (Title), являющееся гиперссылкой на сам материал и автор изменений (Author), ответы (Replies), время последнего изменения (Last updated).

Использование этого раздела удобно при каждодневной работе с внесением или редактированием данных.


Вопросы-ответы для инсераторов


Участие в проекте


Техническое сотрудничество