| Ammatoidea normanii W. West et G. S. West |
| Anabaena aequalis Borge |
| Anabaena catenula (Kützing) Bornet et Flahault |
| Anabaena inaequalis (Kützing) Bornet et Flahault |
| Anabaena jonssonii Boye-Petersen |
| Anagnostidinema acutissimum (Kufferath) Strunecký et al. |
| Anagnostidinema amphibium (Agardh ex Gomont) Strunecký et Komárek |
| Anagnostidinema deflexum (W. West et G.S. West) Strunecký et al. |
| Anagnostidinema ionicum (Skuja) Strunecký et al. |
| Anathece clathrata (W. West et G. S. West) Komárek et al. |
| Anathece minutissima (W. West) Komárek et al. |
| Aphanocapsa delicatissima W. West et G. S. West |
| Aphanocapsa elachista W. West et G. S. West. |
| Aphanocapsa fonticola Hansgirg |
| Aphanocapsa fusco-lutea Hansgirg |
| Aphanocapsa grevillei (Berkeley) Rabenhorst |
| Aphanocapsa hyalina Hansgirg |
| Aphanocapsa incerta (Lemmermann) G. Cronberg et Komárek |
| Aphanocapsa muscicola (Meneghini) Wille |
| Aphanocapsa nivalis Lagerheim |
| Aphanocapsa parasitica (Kützing) Komárek et Anagnostidis |
| Aphanocapsa parietina Nägeli |
| Aphanocapsa rivularis (Carmichael) Rabenhorst |
| Aphanocapsa testacea Nägeli |
| Aphanothece castagnei (Brébisson) Rabenhorst |
| Aphanothece microscopica Nägeli |
| Aphanothece nebulosa Skuja |
| Aphanothece saxicola Nägeli |
| Aphanothece stagnina (Sprengel) A. Braun |
| Borzia trilocularis Cohn ex Gomont |
| Calothrix aeruginosa Voronichin |
| Calothrix breviarticulata W. West et G. S. West |
| Calothrix elenkinii Kossinskaja |
| Calothrix fusca Bornet et Flahault |
| Calothrix parietina Thuret ex Bornet et Flahault |
| Chamaesiphon confervicolus A. Braun var. angustus (Behre) Komárek et Anagnostidis |
| Chamaesiphon fuscus (Rostafinski) Hansgirg |
| Chamaesiphon incrustans Grunow |
| Chamaesiphon incrustans Grunow f. cylindricus (Boye-Petersen) Komárek et Anagnostidis |
| Chamaesiphon polonicus (Rostafinski) Hansgirg |
| Chamaesiphon rostafinskii Hansgirg |
| Chlorogloea microcystoides Geitler |
| Chlorogloea purpurea Geitler |
| Chondrocystis dermochroa (Nägeli) Komárek et Anagnostidis |
| Chroococcopsis fluviatilis (Lagerheim) Komárek et Anagnostidis |
| Chroococcus cohaerens (Brébisson) Nägeli |
| Chroococcus helveticus Nägeli |
| Chroococcus minor (Kützing) Nägeli |
| Chroococcus minutus (Kützing) Nägeli |
| Chroococcus montanus Hansgirg |
| Chroococcus obliteratus P. G. Richter |
| Chroococcus pallidus (Nägeli) Nägeli |
| Chroococcus spelaeus Ercegović |
| Chroococcus subnudus (Hansgirg) G. Cronberg et Komárek |
| Chroococcus tenax (Kirchner) Hieronymus |
| Chroococcus turgidus (Kützing) Nägeli |
| Chroococcus turicensis (Nägeli) Hansgirg |
| Chroococcus varius A. Braun |
| Clastidium cylindricum Whelden |
| Clastidium setigerum Kirchner |
| Coelomoron pusillum (Van Goor) Komárek |
| Coelosphaerium kuetzingianum Nägeli |
| Coleodesmium wrangelii ([C.Agardh] Bornet et Flahault) Borzì ex Geitler |
| Cyanobacterium synechococcoides Komárek |
| Cyanogranis ferruginea (Wawrik) Hindak |
| Cyanosarcina chroococcoides (Geitler) Kováčik |
| Cyanothece aeruginosa (Nägeli) Komárek |
| Desmonostoc muscorum (C. Agardh ex Bornet et Flahault) Hrouzek et Ventura |
| Dichothrix fusca F. E. Fritsch |
| Dichothrix gelatinosa Böcher |
| Dichothrix gypsophila (Kützing) Bornet et Flahault |
| Dichothrix orsiniana (Kützing) Bornet et Flahault |
| Dolichospermum planctonicum (Brunnthaler) Wacklin et al. |
| Eucapsis minor (Skuja) Elenkin |
| Eucapsis prescottii (Drouet et Daily) Komárek et Hindák |
| Geitleribactron periphyticum Komárek |
| Geitlerinema acuminatum Anagnostidis |
| Geitlerinema splendidum (Greville) Anagnostidis |
| Gloeobacter violaceus Rippka et al. |
| Gloeocapsa alpina (Nägeli) Brand |
| Gloeocapsa atrata Kützing |
| Gloeocapsa biformis Ercegović |
| Gloeocapsa bituminosa (Bory) Kützing |
| Gloeocapsa compacta Kützing |
| Gloeocapsa decorticans (A. Braun) P. G. Richter |
| Gloeocapsa fusco-lutea (Nägeli) Kützing |
| Gloeocapsa kuetzingiana Nägeli |
| Gloeocapsa lignicola Rabenhorst |
| Gloeocapsa nigrescens Nägeli |
| Gloeocapsa novacekii Komárek et Anagnostidis |
| Gloeocapsa punctata Nägeli |
| Gloeocapsa ralfsii (Harvey) Kützing |
| Gloeocapsa rupestris Kützing |
| Gloeocapsa rupicola Kützing |
| Gloeocapsa sanguinea (C. Agardh) Kützing |
| Gloeocapsa tornensis Skuja |
| Gloeocapsa violascea (Corda) Rabenhorst |
| Gloeocapsopsis crepidinum (Thuret) Geitler ex Komárek |
| Gloeocapsopsis cyanea (Krieger) Komárek et Anagnostidis |
| Gloeocapsopsis magma (Brébisson) Komárek et Anagnostidis |
| Gloeocapsopsis pleurocapsoides (Nováček) Komárek et Anagnostidis |
| Gloeothece confluens Nägeli |
| Gloeothece cyanochroa Komárek |
| Gloeothece incerta Skuja |
| Gloeothece palea (Kützing) Rabenhorst |
| Gloeothece rupestris (Lyngbye) Bornet |
| Gloeothece subtilis Skuja |
| Gloeothece violacea Rabenhorst |
| Gomphosphaeria aponina Kützing |
| Gomphosphaeria cordiformis (Wille) Hansgirg |
| Gomphosphaeria natans Komárek et Hindák |
| Hydrococcus rivularis Kützing |
| Jaaginema geminatum (Meneghini ex Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Jaaginema gracile (Böcher) Anagnostidis et Komárek |
| Jaaginema kuetzingianum (Nägeli ex Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Jaaginema profundum (Schröter et Kirchner) Anagnostidis et Komárek |
| Jaaginema pseudogeminatum (G. Schmid) Anagnostidis et Komárek |
| Jaaginema subtilissimum (Kützing ex Forti) Anagnostidis et Komárek |
| Johanseninema constrictum (Szafer) Hasler et al. |
| Kamptonema chlorinum (Kützing ex Gomont) Strunecký et al. |
| Kamptonema cortianum (Meneghini ex Gomont) Strunecký et al. |
| Kamptonema formosum (Bory ex Gomont) Strunecký et al. |
| Kamptonema laetevirens (P. L. Crouan et H. M. Crouan ex Gomont) Strunecký et al. |
| Komvophoron groenlandicum Anagnostidis et Komárek |
| Komvophoron minutum (Skuja) Anagnostidis et Komárek |
| Leibleinia epiphytica (Hieronymus) Compère |
| Leptolyngbya aeruginea (Kützing ex Hansgirg) Komárek |
| Leptolyngbya "Albertano\Kováčik-green" |
| Leptolyngbya angustissima (W. West et G. S. West) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya antarctica (W. West et G. S. West) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya bigranulata (N. L. Gardner) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya boryana (Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya cf. fallax (Hansgirg ex Forti) Komárek |
| Leptolyngbya cf. notata (Schmidle) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya cf. tenerrima (Hansgirg) Komárek |
| Leptolyngbya cf. voronichiniana Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya compacta (Hansgirg ex Hansgirg) Komárek |
| Leptolyngbya foveolarum (Rabenchorst ex Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya glacialis (W. West et G. S. West) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya gracillima (Hansgirg) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya hansgirgiana Komárek |
| Leptolyngbya laminosa (Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya margaretheana (G. Schmid) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya nostocorum (Bornet ex Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya notata (Schmidle) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya perelegans (Lemmermann) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya sieminskae Richter et Matula |
| Leptolyngbya subtruncata (Voronichin) Anagnostidis |
| Leptolyngbya tenuis (Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya treleasei (Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya valderiana (Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Leptolyngbya voronichiana Anagnostidis et Komárek |
| Limnococcus limneticus (Lemmermann) Komárková et al. |
| Limnothrix guttulata (Goor) I. Umezaki et M. Watanabe |
| Limnothrix mirabilis (Böcher) Anagnostidis |
| Limnothrix redekei (Van Goor) Meffert |
| Limnothrix vacuolifera (Skuja) Komárek et al. |
| Lyngbya aestuarii Liebman ex Gomont |
| Lyngbya martensiana Meneghini ex Gomont |
| Merismopedia elegans A. Braun ex Kützing |
| Merismopedia glauca (Ehrenberg) Kützing |
| Merismopedia hyalina (Ehrenberg) Kützing |
| Merismopedia minima Beck |
| Merismopedia punctata Meyen |
| Merismopedia sphagnicola Joosten |
| Merismopedia tenuissima Lemmermann |
| Microchaete calothrichoides Hansgirg |
| Microchaete tenera Thuret ex Bornet et Flahault |
| Microcoleus amoenus (Kützing ex Gomont) Strunecky et al. |
| Microcoleus autumnalis (Trevisan ex Gomont) Strunecky et al. |
| Microcoleus favosus (Gomont) Strunecky et al. |
| Microcoleus fonticola (Kützing ex Gomont) Strunecky et al. |
| Microcoleus lacustris Farlow ex Gomont |
| Microcoleus vaginatus Gomont ex Gomont |
| Microcystis natans Lemmermann ex Skuja |
| Microcystis pulverea (Wood) Forti |
| Nodosilinea bijugata (Kongisser) Perkerson et Kovacik |
| Nodosilinea epilithica Perkenson et Casamatta |
| Nodularia harveyana Thuret ex Bornet et Flahault |
| Nostoc calcicola Brébisson ex Bornet et Flahault |
| Nostoc commune Vaucher ex Bornet et Flahault |
| Nostoc flagelliforme Harvey ex Molinari-Novoa et al. |
| Nostoc humifusum Carmichael ex Bornet et Flahault |
| Nostoc kihlmanii Lemmermann |
| Nostoc linckia Bornet ex Bornet et Flahault |
| Nostoc microscopicum Carmichael ex Bornet et Flahault |
| Nostoc minutissimum Kützing ex Bornet et Flahault |
| Nostoc minutum Desmazières ex Bornet et Flahault |
| Nostoc paludosum Kützing ex Bornet et Flahault |
| Nostoc pruniforme [L.] C. Agardh ex Bornet et Flahault |
| Nostoc punctiforme (Kützing ex Hariot) Hariot |
| Nostoc zetterstedtii Areschoug ex Bornet et Flahault |
| Oscillatoria anguina Bory ex Gomont |
| Oscillatoria glacialis Wittrock ex Forti |
| Oscillatoria limosa C. Agardh ex Gomont |
| Oscillatoria lutea Agardh ex Gomont |
| Oscillatoria rupicola (Hansgirg) Hansgirg ex Forti |
| Oscillatoria sancta Kützing ex Gomont |
| Oscillatoria simplicissima Gomont |
| Oscillatoria tenuis C. Agardh ex Gomont |
| Petalonema alatum Berkeley ex Kirchner |
| Petalonema crustaceum C. Agardh ex Kirchner |
| Petalonema incrustans [Kützing] Komárek |
| Petalonema velutinum Migula |
| Phormidiochaete nordstedtii (Bornet et Flahault ex De Toni) Komárek |
| Phormidium aerugineo-caeruleum (Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Phormidium ambiguum Gomont |
| Phormidium boryanum (Bory ex Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Phormidium breve (Kützing ex Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Phormidium cf. calcareum Kützing ex Gomont |
| Phormidium granulatum (Gardner) Anagnostidis |
| Phormidium ingricum (Voronichin) Anagnostidis et Komárek |
| Phormidium insigne (Skuja) Anagnostidis |
| Phormidium interruptum Kützing ex Gomont |
| Phormidium inundatum Kützing ex Gomont |
| Phormidium irriguum (Kützing ex Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Phormidium kuetzingianum (Kirchner ex Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Phormidium lividum Nägeli |
| Phormidium pristleyi F. E. Fritsch |
| Phormidium retzii (C. Agardh) Gomont ex Gomont |
| Phormidium subcapitatum J. B. Petersen |
| Phormidium subfuscum Kützing ex Gomont |
| Phormidium terebriforme (C. Agardh ex Gomont) Anagnostidis et Komárek |
| Phormidium uncinatum Gomont ex Gomont |
| Phormidium viride (Vaucher ex Gomont) Lemmermann |
| Planktolyngbya limnetica (Lemmermann) Komárková-Legnerová et G. Cronberg |
| Pleurocapsa fusca Godward |
| Pseudanabaena biceps Böcher |
| Pseudanabaena catenata Lauterborn |
| Pseudanabaena cf. frigida (Fritsch) Anagnostidis |
| Pseudanabaena cf. galeata Böcher |
| Pseudanabaena frigida (Fritsch) Anagnostidis |
| Pseudanabaena galeata Böcher |
| Pseudanabaena limnetica (Lemmermann) Komárek |
| Pseudanabaena minima (G. S. An) Anagnostidis |
| Rhabdoderma irregulare (Naumann) Geitler |
| Rhabdoderma lineare Schmidle et Lauterborn |
| Rivularia biasolettiana Meneghini ex Bornet et Flahault |
| Rivularia borealis P. Richter |
| Rivularia cf. beccariana [De Notaris] Bornet et Flahault |
| Rivularia cf. dura Roth ex Bornet et Flahault |
| Schizothrix arenaria Gomont |
| Schizothrix borealis Komárek et Kováčik |
| Schizothrix calcicola Gomont |
| Schizothrix cf. facilis (Skuja) Anagnostidis |
| Schizothrix cf. septentrionalis Gomont |
| Schizothrix delicatissima W. West et G. S. West |
| Schizothrix facilis (Skuja) Anagnostidis |
| Schizothrix fragilis Gomont |
| Schizothrix heufleri Grunow ex Gomont |
| Schizothrix lardacea Gomont |
| Schizothrix nigra Komárek et Kováčik |
| Schizothrix simplicior Skuja |
| Schizothrix tinctoria Gomont ex Gomont |
| Scytonema myochrous C. Agardh ex Bornet et Flahault |
| Scytonema ocellatum [Dillwyn] Lyngbye ex Bornet et Flahault |
| Scytonema subtile K. Möbius |
| Scytonema tolypothrichoides Kützing |
| Siphononema polonicum (Raciborski) Geitler |
| Snowella lacustris (Chodat) Komárek et Hindák |
| Spirulina major Kützing ex Gomont |
| Spirulina subsalsa Örsted |
| Spirulina tenerrima Kützing ex Gomont |
| Spirulina tenuior (Legerheim) Kirchner |
| Stigonema hormoides [Kützing] Bornet et Flahault |
| Stigonema informe Kützing ex Bornet et Flahault |
| Stigonema mamillosum [Lyngbye] C. Agardh ex Bornet et Flahault |
| Stigonema minutum [C. Agardh] Hassall ex Bornet et Flahault |
| Stigonema ocellatum [Dillwyn] Thuret ex Bornet et Flahault |
| Symploca cartilaginea Gomont ex Gomont |
| Symplocastrum aurantiacum (Hansgirg ex Hansgirg) Anagnostidis |
| Symplocastrum friesii [C. Agardh] ex Kirchner |
| Symplocastrum penicillatum (Kützing ex Gomont) Anagnostidis |
| Synechococcus elongatus (Nägeli) Nägeli |
| Synechococcus nidulans (Pringsheim) Komárek |
| Synechocystis aquatilis Sauvageau |
| Synechocystis crassa Voronichin |
| Synechocystis minuscula Voronichin |
| Tapinothrix janthina (Bornet et Flahault) Bohunická et J. R. Johansen |
| Tolypothrix conglutinata Borzi ex Bornet et Flahault |
| Tolypothrix distorta Kützing ex Bornet et Flahault |
| Tolypothrix elenkinii Hollerbach |
| Tolypothrix fasciculata Gomont |
| Tolypothrix limbata Thuret ex Bornet et Flahault |
| Tolypothrix penicillata Thuret ex Bornet et Flahault |
| Tolypothrix saviczii Kossinskaja |
| Tolypothrix tenuis Kützing ex Bornet et Flahault |
| Trichocoleus abiscoensis (Skuja) Komárek et Kováčik |
| Trichocoleus delicatulus (W. West et G.S. West) Anagnostidis |
| Trichocoleus sociatus (W. West et G. S. West) Anagnostidis |
| Trichormus variabilis (Kützing ex Bornet et Flahault) Komárek et Anagnostidis |
| Tychonema bornetii (Zukal) Anagnostidis et Komárek |
| Woronichinia compacta (Lemmermann) Komárek et Hindák |
| Woronichinia delicatula (Skuja) Komárek et Hindák |
| Woronichinia elorantae Komárek et Komárková-Legnerová |
| Woronichinia karelica Komárek et Komárková-Legnerová |
| Woronichinia naegeliana (Unger) Elenkin |
| Woronichinia tenera (Skuja) Komárek et Hindák |